El Consejo Universitario tiene la función de tomar decisiones y definir políticas que afectan a la vida académica y administrativa de la universidad. Entre sus funciones se encuentran la aprobación de los planes y programas de estudio, la aprobación del presupuesto de la universidad, la elección de las autoridades universitarias, la aprobación de la creación o eliminación de programas académicos, y la definición de políticas y estrategias institucionales.
| Dr. JOSÉ CRUZ MARTÍNEZ | Rector |
| Dr. JOSE LUIS SALY ROSAS SOLANO | Vicerrector Académico |
| Dr. JAVIER LOPEZ CESPEDES | Vicerrector de Investigación |
| Dr. JAVIER MIJAHUANCA INFANTE | Decano de Ciencias Agrarias |
| Mg. ISABEL TANG SERQUÉN | Decana de Ciencias Económicas |
| Dr. OSCAR MENDOZA NEYRA | Decano de Ingeniería Pesquera y Ciencias del Mar |
| Dr. MAURO MEZA OLIVERA | Decano de Ciencias de la Salud |
| Dra. DIANA MIRANDA INGA | Decana de Ciencias Sociales |
| Dr. HUGO VALENCIA HILARES | Decano de Derecho y Ciencia Política |
| Dr. ENRIQUE BENITES JUAREZ | Director de Posgrado |
| Abog. IVAN ABSON PUELL SEMINARIO | Secretario General |
